答案是“没有影响”，但前提是更换与手机型号、原主板参数相匹配的主板才可以，不然会导致手机系统与硬件不兼容、性能降低或提升，如果是提升还好，只要兼容性没问题，就可以正常使用，但如果是性能降低，就会影响用户的正常使用，降低体验感，但一般情况下，在官方指定的售后维修点更换原厂、原装的主板，是不是对手机自身的性能造成影响的。
如何辨别是否新主板：
1、拆机查看。如果主板表面干净，无生锈的地方，则可以证明是新主板；
2、看手机使用体验。首先正常功能都支持，没有障碍；其次，如果和其他新机跑分，运行流畅度等差不多，估计是新主板。
3、是否容易出现故障。一般正常使用新主板是很少出问题需要维修的，就主板则不是，需要经常维修。
你的主板一旦购买时间超过1个月，那么经销商就不能给你更换新品了，只能给你更换一块良品。所谓良品就不是新主板，有可能是翻修品，但是这属于正常情况，既然已经返修过了，说明此主板没有质量问题了。不可能你用了近半年，一旦坏了厂家会给你一块新的。放心使用吧，肯定是没有问题了。
手机主板集成度非常高， 苹果更甚，一有硬件损坏基本都是更换个模组省心包括主板。
判断有没更换，通常用户只能简单的去对比 IMEI 号。
注：以上的是简单的方法，不具权威，不包括专业手段下的产物。
还可以按以下方法来辩解是否翻新机。
1、序列号
每个苹果机子都有11位序列号(有字母和数字组成的编码)，都可以在专业的序列号查询工具中查询。在购买手机时，要在苹果官网查询此手机的序列号是否正确，如果过是翻新机如更换了主板、被维修过等此机子的序列号在苹果官方网站是被注销的，查询会出现“很抱歉，这是已更换产品的序列号”。
2、最近一次激活时间
iPhone6 Plus新机激活时间是没有的，如果有，则很可能是翻新机，至少也是人家用过的，不然不可能已经激活了。
3、查看电池使用时间
新iPhone6 Plus电池没有被使用过，如果我们查询到iPhone6电池有较长的使用时间记录，那么很可能也是翻新机。方法是进入iPhone6 Plus设置-- 通用 -- 电量 设置里即可查看电池使用时间。
4、产品细节辨别
原装数据线，原装的数据插头质地做工细致，没有刮痕，这些都是外观细节，仔细去看看也可以找到一些端倪，
由于翻新机是被使用过的，因此在外观细节上通过仔细观察也容易找出一些破绽，包括iPhone6 Plus主机、配件、耳机等都可以去自己观察对比。
检测苹果手机内部零件的方法：
1、从手机维修的角度来说，里面的零部件更换并不会在手机系统中显示出来，只要对手机刷机并且清除所有内存内容，甚至看不出来是翻新货还是原厂手机。建议不要去不正规的小店维修。尽量找专业的有授权的店家。
2、如果你维修手机经验丰富，可以自行拆开手机进行检测。拆开后看到内部零件紧密完好，成色好，无指纹等人为痕迹说明你的手机内部零件没有被更换。
